在从地狱般的巴拿马监狱Sona逃出来后，Michael Scofield和Lincoln Burrows兄弟俩决定主持正义，搞倒公司，让这个隐藏在暗处的，毁掉了兄弟俩的生活，还谋杀了Michael的挚爱Dr.Sara Tancredi的组织血债血偿。在复仇的路上，当Michael得知Sara还活着时，兄弟俩意识到唯一能够恢复到正常的生活彻底自由的办法就是找到Sara并彻底搞垮公司。